Chlorek benzalkonium to substancja o działaniu odkażającym stosowana w preparatach okulistycznych, środkach dezynfekujących skórę, narzędzia oraz powierzchnie, kosmetykach (np. dezodoranty, płyny do płukania ust, chusteczki do higieny intymnej, toniki, płyny do soczewek kontaktowych), preparatach farmaceutycznych (produkty łagodzące objawy oparzeń oraz miejscowych stanów zapalnych skóry, jamy ustnej i gardła) jak również preparatach weterynaryjnych. Może być stosowany w preparatach kojących bolesne ząbkowanie u niemowląt, nawilżających śluzówkę nosa oraz kroplach do oczu.